Podczas kiedy system ERP umożliwia zarządzanie operacjami i planowanie logistyki czy produkcji na poziomie całego przedsiębiorstwa, system MES wspomaga zarządzanie samą produkcją, rozdziela zadania, przeprowadza dokładne harmonogramowanie i zapewnia wiarygodność przeprowadzanych operacji. System MES dostarcza następującą funkcjonalność:

• Zarządzanie procesem produkcyjnym. Monitoruje przebieg procesu produkcyjnego i automatycznie koryguje lub dostarcza operatorom informacje ułatwiające podejmowanie decyzji dotyczących usprawnienia produkcji w toku. Korekty odnoszą się do konkretnej operacji i skupiają się szczególnie na maszynach lub wyposażeniu, które jest monitorowane i kontrolowane. Mogą one również dotyczyć zdarzeń pomiędzy operacjami, co oznacza dokładne śledzenie procesu produkcyjnego jako całości. Posiada również możliwość alarmowania personelu o dokonywanych zmianach.
• Szczegółowe harmonogramowanie oraz kontrola operacji. Strategie harmonogramowania oparte są na priorytetach, atrybutach, cechach oraz innych dynamicznych lub statycznych danych charakteryzujących specyficzne jednostki produkcyjne. Mogą to być kształt lub kolor, które jeśli odpowiednio zakolejkowane minimalizują czas przezbrojeń. Algorytm opiera się o rzeczywiste możliwości dostępnych zasobów i rozpoznaje różne alternatywy w celu szczegółowego wyliczenia dokładnego czasu potrzebnego na wykonanie operacji produkcyjnych.
• Alokowanie oraz kontrola statusu zasobów. Zarządza zasobami włączając w to pracowników, maszyny, narzędzia, dostępne materiały oraz inne wyposażenie. Kontroluje również niezbędną dokumentację, która przykładowo musi być dostępna w celu rozpoczęcia pracy nad operacją produkcyjną. Dostarcza szczegółową historię wykorzystania zasobów, zapewnia, że wyposażenie jest odpowiednio ustawione do wykonania danych czynności i dostarcza informacji o statusie zasobów w czasie rzeczywistym. Zarządzanie tymi zasobami zawiera w sobie rezerwację i alokację zadań oraz kolejkowanie prac tak, aby sprostać wymaganiom harmonogramowania.
• Kontrola pracy. Zarządza przepływem pracy w formie zadań, zleceń, partii. Informacje o zadaniach do wykonania są dostępne w kolejności, która ułatwia ich realizację. Modyfikuje harmonogram w czasie rzeczywistym, w odpowiedzi na zdarzenia występujące na hali produkcyjnej. Posiada możliwość modyfikacji istniejącego harmonogramu prac.
• Kontrola dokumentów. Kontroluje dokumenty oraz formularze, które usprawniają przebieg procesu produkcyjnego lub muszą być sporządzanie w trakcie jego trwania. Mogą to być instrukcje pracy, receptury, zlecenia produkcyjne, procedury operacji standardowych, szczegóły dotyczące partii produkcyjnych lub informacje przekazywane ze zmiany na zmianę. Udostępnia również możliwość zmiany informacji o operacjach i dostarcza je do pracowników lub urządzeń. Przechowuje również dane historyczne na temat samego przebiegu procesu produkcyjnego oraz warunków, w jakich on miał miejsce.
• Gromadzenie danych. Ta funkcja integruje rozwiązania w zakresie ręcznego oraz automatycznego pozyskiwania danych. Wykorzystuje informacje pochodzące z linii produkcyjnej w oparciu o urządzenia ułatwiające ich wprowadzanie takie jak komputery PC, kody kreskowe, RFID czy maszyny. Dane te są przetrzymywane jako atrybuty produkcji, a istotną cechą jest gromadzenie informacji o zdarzeniach w czasie ich występowania.
• Zarządzanie czasem pracy. Dostarcza informacje na temat czasu pracy ludzi. Zawiera w sobie zarówno ogólny raport uczestnictwa w pracy jak również dokładne dane dające szczegółowy obraz, nad czym pracownik, zmiana lub załoga pracowali.
• Zarządzanie jakością. System dostarcza w czasie rzeczywistym analizę pomiarów pobranych z procesu produkcyjnego zapewniając pełną kontrolę jakości wytwarzanego produktu. Pomaga to identyfikować problemy wymagające późniejszej analizy oraz zarekomendować działanie mające na celu rozwiązanie problemu. Dzięki posiadanym informacjom jest w stanie przeprowadzać analizy zgromadzonych danych, co pozwala na szybkie zidentyfikowanie przyczyny występującego problemu.
• Śledzenie procesu produkcyjnego produktu oraz jego pochodzenia. Dostarcza możliwość monitorowania wykonywanej pracy oraz szczegółów procesu produkcyjnego. Informuje o tym, kto, kiedy i nad czym pracował jak również, jakie materiały wchodzą w skład produktu końcowego, czy jego komponentów. Udostępnia możliwość gromadzenia i odnalezienia informacji o dostawcy komponentów, partii, numerze seryjnym, warunkach produkcyjnych oraz jakichkolwiek zmianach, alarmach lub innych wyjątkowych sytuacjach dotyczących całego procesu produkcji.
• Analiza wydajności. Dostarcza dokładne informacje w postaci raportów dotyczących operacji produkcyjnych oraz ich rezultatów. Możliwe jest prezentowanie raportów o wykorzystaniu zasobów, ich dostępności, cyklu produkcji czy porównaniu rzeczywistego przebiegu procesu produkcyjnego z przygotowanym harmonogramem. Wykorzystuje dane pochodzące z różnych źródeł, które mierzą parametry pracy. Dostarcza możliwość przeglądania i porównywania szczegółowych kluczowych wskaźników wydajności (KPI).

Powyższe punkty przedstawiają główne funkcje, którymi zajmuje się system MES w przedsiębiorstwie. W zależności od zakładu, branży lub konkretnych potrzeb możliwe jest dalsze rozszerzanie funkcjonalności oraz jego integracja z innymi systemami usprawniającymi działalność ERP. Mogą to być na przykład systemy do zarządzania magazynem czy logistyczne systemy wykonawcze (WMS i LES).